Jin, 'n misterieuse kind met 'n stralekrans in sy hand, en buitengewone vegvaardighede, woon saam met sy oupa in 'n bedelaarsgemeenskap. Op 'n ander plek is die ou wetenskaplike Amagi op soek na professor Kanzaki om hom te vra waar die 'speler' - 'n soort genetiese veranderde mense - Zet, wat hulle 'n paar jaar gelede geskep het, sou wees. Gou word Jin en sy oupa aangeval deur 'n geheimsinnige man wat in 'n monster verander. Die verband tussen professor Amagi en professor Kanzaki verbind blykbaar ook die jong Jin met die raaisel van die "spelers" en Zet.
