Hierdie manga bevat Ryouga, 'n seun met bomenslike krag wat sy vermiste pa wil vind. Die enigste leidraad wat Ryouga het, is 'n geheimsinnige figuur in die wolke met die naam "Arcades" wat belowe het om hom na sy vader te neem sodra hy sterk genoeg word. By Ryouga is Miruto, 'n meisie wat werk vir 'n organisasie wat skurke opspoor wat Pokémon gebruik vir hul bose bedoelings en Yappy, 'n joernalis wat ten doel het om al die kwaad in die wêreld bloot te lê. Die plot sentreer rondom 'Burst', die vermoë om kristalle met Pokémon daarin te gebruik, om te verander in mens-Pokémon-basters. Ryouga's Burst is Zekrom, dieselfde wat sy vader vroeër gebruik het.
