Van Wikipedia: afgespeel in die moderne tyd, handel die verhaal oor Miharu Rokujou, wat net 'n normale lewe wou lei en 'n Okonomiyaki-restaurant wou erf. Op die oomblik was sy grootste probleem die voortdurende plaag van Kouichi Aizawa en Durandal Thobari Kumohira, wat 'n Nindō (忍 道?, Letterl. "Way of the Ninja") klub begin het. Miharu wou niks met 'ninjas' te doen hê nie en wys dit elke keer van die hand. Maar binnekort word hy aangeval deur 'n werklike groep ninjas en word hy beskerm deur Kouichi en Kumohira. Daar leer Miharu van die verborge ninja-wêreld Nabari, die rolle van sy klasmaat en onderwyser in daardie wêreld, en van die geheime kuns Shinra Banshou (森羅 万象 Shinrabanshō?, Letterl. "Alles in die natuur") in hom. Die geheime kuns, wat al die wêreld se kennis bevat, word in Nabari baie begeer. En daarom kan Miharu nie na sy normale lewe terugkeer nie. Hy moet die 'Heerser van Nabari' word om te oorleef. Van Baka-Updates: Rokujou Miharu was 'n oënskynlik onwillige junior hoërskoolleerling wat in sy eie wêreld gewoon het. In hom skuil egter die uiteindelike mag van Nabari, 'Almagtig'. Om so 'n hoogste wapen te besit, het die Wolf Pack van Iga gesweer om Miharu terug te bring na die dorp Iga. Aan die ander kant was Miharu se Engelse onderwyser, Kumohira sensei, en klasmaat, Kouichi, die Banten-ninja's wie se missie was om Miharu te beskerm. 'N Oorlog oor die eienaarskap van' Almagtig 'het dus begin. Om te oorleef, moet Miharu die verborge wêreld Nabari binnegaan om die koning te word.
