Opsomming
Die storielyn volg op Medaka Kurokami, 'n magnetiese en aantreklike eerstejaarstudent van die Hakoniwa Akademie wat met 98% van die stemme tot die Studenteraadspresident verkies is. Sy spreek hierdie versoekskrifte op haar onbehoorlike manier aan, en met al die hulp saam met haar kindermaat Zenkichi Hitoyoshi stel sy 'n suggestieboks in. In die loop van die vertelling word die studenteleiers se leierskorps uitgedeel aan ander leerlinge soos Mogana Kikaijima en Kouki Akune.
Die Studenteraad verneem dat die akademievoorsitter bedoel om 'n werk te begin om kragtig te eksperimenteer op roetine-leerlinge, die Flask Plan, genaamd Normals, sodat u hulle kan verander in Abnormals, dit is mense met bomenslike magte. Die Studenteraad is in konflik met ander leerlinge wat die werk gebruik en infiltreer in die geheime laboratorium van die skool.
Kort daarna het Misogi Kumagawa, wat die Studenteraad wil vervang met een van sy eie Medaka-uitdagings, 'n kampioenskap vir die Studenteraad. Uit sy magte is twee leerlinge ná die nederlaag van Kumagawa ongesegeld en voltooi hulle hul vervoer na die Hakoniwa Akademie. Die twee is geneig om sterker te wees as Abnormals en word 'Nie gelyk nie' genoem. Hul leier, Anshin'in, dreig om die Flask Plan te herbegin sodra Medaka 'n graad is, wat hul opvolgers daartoe lei om opgelei te word deur die Studenteraad. Die akkurate strategie van Anshin'in sou nietemin wees om die status as presidentraad van die studenteraad van Zenkichi Medaka te oorrompel. Zenkichi slaag en doen dit met die voorwendsel om die studentelewe te verbeter. Hy oortuig Medaka om die flaskplan toe te laat vir mense wat nie bereid is om te doen nie.
Medaka het haar verantwoordelikhede as president van die Studenteraad oorgeneem en raak kort daarna betrokke by 'n kampioenskap om haar man te bepaal. Medaka word die wenner en kies om met Zenkichi te trou nadat hulle albei gegradeer het. Kort daarna verlaat die naaste vriend Hansode Shiranui van Zenkichi die skool. Zenkichi en medaka vind dat sy uiteindelik nog 'n gasheer vir Iihiko Shishime, 'n 5000-jarige wese, sal word. Hy word verslaan deur medaka en verdwyn nadat hy die maan verlaat het om na die aarde te stort, bloot om weer betyds vir die diens aan die einde van die jaar te verskyn. Neem na haar terugkeer die posisie van haar vader in voor die familie-konglomeraat van die gesin, die Kurokami-groep, om eers later terug te keer, aangesien die nuwe voorsitter en Medaka besluit om die akademie te verlaat. Tien jaar daarna het Zenkichi hom in die Kurokami-groep opgebou en 'n werker op hoë vlak geword voordat hy met haar herenig het. Albei het gesweer om nooit weer gesplete te raak nie.