Die Ryk van Britannia het Japan binnegeval met reuse-robotwapens genaamd Knightmare Frames. Japan is verminder tot gebied 11, 'n keiserlike kolonie, en die mense word die Elevens genoem. Destyds het Lelouch, 'n jong Britanniese seun wat na Japan verban is, aan sy Japanse vriend Suzaku belowe dat hy Britannia sou vernietig.
Jare later is Lelouch 'n hoërskoolleerling wat gereeld die skool oorslaan om te skaak en te dobbel. Wanneer hy op 'n terreurgroep van Elevens struikel wat deur 'n Britanniese taakspan gevang word nadat hy 'n militêre geheim gesteel het, word Lelouch onverwags herenig met Suzaku, wat werk as 'n lid van die Britse leër. Terwyl die res van die taakspan opdaag, word Suzaku geskiet weens die ongehoorsaamheid aan bevele, terwyl die militêre geheim, 'n jong meisie, Lelouch die mag gee om enigiemand aan enige bevel te laat gehoorsaam. Met die bevel van die terroriste neem Lelouch die alias "Zero" aan en begin sy opstand om Britannia eens en vir altyd te verpletter. Sy grootste vriend word egter gou een van sy mees kommerwekkende vyande toe Suzaku die vlieënier word van Britannia se nuwe toetsmodel Knightmare, die Lancelot.
Opmerking: Storielyn is 'n bietjie anders as die anime.
