In 2065 staan die aarde in die middel van 'n oorlog met bykomend-dimensionele vreemdelinge genaamd Nova. Die weermag ontwikkel en oefen Pandoras, dogters wat gebruik kan maak van spesiale genetiese weefsel genaamd Stigmata (Seikon) om bomenslike vegstelsels en vaardighede aan te toon. Ondersteuning van die Pandoras is manlike vennote genaamd Limiters, wat bepaalde “vrieskragte” gebruik om hul mededingingsvryheid te beperk.
Enige van hierdie beperkers is Kazuya Aoi, wie se oorlede suster 'n Pandora was. Kazuya ontmoet 'n sterk Pandora, Satellizer el Bridget, met die bynaam die Untouchable Queen, op haar gevoellose styl en haar uiterste afefobie terwyl sy die West Genetics Academy in Japan bygewoon het. Ten spyte van die waarskuwings van sy skoolmaats om Satellizer te verhoed, word Kazuya bevriend met haar en vra sy om haar Limiter te wees. Satellizer stem in om met hom te assosieer, al val sy binnekort op 'n liefdesverhouding met die naam Rana Linchen, wat glo dat Kazuya haar sielmaat is nadat sy haar deur verskeie gevegte teen kollegas se teenstanders van veranderende posisies en kursusse ondersteun het. Wanneer die Novas hul kollege aanrand en Pandoras onder hul beheer gebruik om toegang tot die ondergrondse laboratorium van die instansie te kry, word hul kompetisie verdwyn.
Satellizer en Kazuya gaan saam met 'n paar West Genetics-leerlinge in 'n laboratorium in Alaska, waar hulle kan help om die Evolution Pandora (E Pandora) -taak te help, sodat normale vroue Stigmata-oorplantings kan kry om Pandoras te word. Wanneer een van die E Pandoras berserk word, gee die ander die vraag of die medisyne in die eksperimentering nie gevaarlik is nie, maar dat dit die wense van die besigheidsorganisasie sowel as die bestuurder gehoorsaam. Nadat die E-Pandora Amelia Evans vasgestel het dat hulle gebruik moet word totdat hulle uitgegee is, rig hulle 'n opstand wat op Nova Clash in 'n volle mate eskaleer.
Kazuya leer meer oor die bande van sy gesin met die Nova sowel as die Pandora. Kazuya se oupa Gengo Aoi het dieselfde werk gevind, wat Rana en Satellizer in 'n unieke span met vroue genaamd Valkyries laat sien. Desondanks word dwalings dwarsdeur die demonstrasie-aktiwiteit met pasgemaakte Nova, wat dwaas is, ervaar deur die Pandoras, sowel as die dummy Novas word 'n legio van 100's Nova wat Genetics verniel. Gengo kom hierteen te werk deur die legendariese Pandoras wat die tantes van Kazuya is, los te laat. Die Chevalier-poging om Gengo te vermoor deur verskeie gevangenes in diens te neem, word die Busters genoem, toe enkele van die legendariese Pandoras in dodelike Novas verander, maar die opdrag val uitmekaar.
