Opsomming
12.000 jaar na die gebeure van Sousei no Aquarion word die mensdom bedreig deur 'n nuwe vyand van 'n ander dimensie met die naam "Ontvoerders", wat net soos die Shadow Angels die mensestede binneval om sy inwoners te ontvoer. Om die mensdom teen hierdie inval te verdedig, het die Neo-DEAVA-organisasie twee spanne gestig, een wat slegs uit mans bestaan en een uit slegs vroue, wat elkeen hul eie reuse-masjiene genaamd "Aquaria" bestuur. Om sy nuwe vriend Mikono te beskerm, het die tiener Amata Sora besluit om die kragte wat hy sy hele lewe lank geheim gehou het, te gebruik en deur Vectors met manlike en vroulike vlieëniers in een enkele robot te kombineer, word die legendariese reus Aquarion weer gebore.